La città di Ancona fu fondata da coloni greci provenienti da Siracusa, nel 387 aC circa. Il nome della città deriva dal greco Ankor, che significa “gomito”, ad indicare la particolare posizione geografica che questa città occupa. Il momento del passaggio a colonia romana è una cosa dubbia.
Fu occupata come stazione navale nella guerra illirica del 178 aC, con Giulio Cesare che prese possesso della città subito dopo aver attraversato il Rubicone. Il porto cittadino era di notevole importanza in epoca imperiale, dato che era la più vicina città alla Dalmazia. Nel corso degli anni è stato ampliato, in maniera particolare da Traiano, che ha fatto costruire il molo nord.
Ancona fu successivamente attaccata dai Goti, dai Longobardi e dai Saraceni tra il terzo e il quinto secolo, ma riprese ben presto la sua forza e la sua importanza. E' stata infatti una delle città della Pentapoli dell'Esarcato romano di Ravenna nel corso del settimo e dell'ottavo secolo.
Dopo la conquista di Carlo Magno del nord Italia, è diventata la capitale della Marca di Ancona, da cui il nome moderno della regione.
Dopo il 1000, la città di Ancona è diventata sempre più indipendente e alla fine si è trasformata in una importante repubblica marinara (insieme a Gaeta, Trani e Ragusa è una di quelle che non appaiono sulla bandiera navale italiana), spesso scontrandosi contro il potere di Venezia. La città aveva una moneta propria, l'Agontano, e una serie di leggi note come “Statuti del mare e del Terzenale” e come “Statuti della Dogana”.
Nel 1532 la storia di Ancona ci dice che la città ha definitivamente perso la sua libertà ed è entrata a far parte dello Stato Pontificio, sotto il pontificato di Clemente VII. Insieme a Roma e Avignone, nel sud della Francia, Ancona è la città unica dello Stato pontificio in cui era permesso agli ebrei rimanere dopo 1569.
Durante la seconda guerra mondiale, nel luglio del 1944, la città è stata presa dal II Corpo d'Armata polacco come parte di un'operazione alleata per ottenere l'accesso ad un porto di mare più vicino alla Linea Gotica, al fine di ridurre le linee di comunicazione. Oggi, la storia della città rivive ancora nei bellissimi monumenti di Ancona.